Actualmente continúa siendo materia de debate entre diversos especialistas no sólo el lugar de origen de uno de los manuscritos religiosos más importantes de la antigua Mesoamérica, sino también la manera en la cual pudo haber sido adquirido ese documento por el cardenal italiano Stefano Borgia hacia la segunda mitad del siglo XVIII.
Debemos a Alejandro de Humboldt uno de los relatos más “populares” acerca de la historia del Códice Borgia. Dice el ilustre alemán:

…parece haber pertenecido a la familia Giustiniani. No se sabe por qué infeliz casualidad cayó en manos de los sirvientes de esta casa, quienes, ignorando el valor que pudiera tener una colección de figuras monstruosas, se lo dieron a sus hijos. Un culto amante de las antigüedades, el Cardenal Borgia, quitó el manuscrito a estos niños, cuando ya habían procurado quemar algunas páginas o pliegues de la piel de ciervo sobre la cual están trazadas las figuras (Seler, 1963, p. 9).

Esta versión parece tan convincente que el propio Eduard Seler la incluyó en sus célebres comentarios al Códice Borgia publicados en 1904. Efectivamente, tanto en la cubierta externa del códice como en las páginas 1 y 2 del anverso y 74, 75 y 76 del reverso, se observan los estragos provocados por las llamas en algunas partes de esas páginas. Sin embargo, tan curiosa historia nunca fue escrita por el propio Stefano Borgia, a pesar de su interés en publicar una edición del códice con los comentarios del jesuita José Lino Fábrega. En realidad, desconocemos por completo la historia del manuscrito antes de que perteneciera a Borgia, pues únicamente se han conservado algunas historias y tradiciones que de forma anecdótica cuentan la manera en que salió de México y cómo llegó posteriormente a manos del cardenal.
Stefano Borgia (1731-1804) era descendiente de una familia acomodada de Velletri, Italia, cuyo apellido los emparentaba lejanamente con los bien afamados Borgia de los siglos XV y XVI. Stefano estudió teología y desde muy joven se interesó por la investigación histórica, además de dedicarse a coleccionar monedas, antigüedades y, especialmente, manuscritos coptos (copto: idioma antiguo de Egipto). En 1770 fue nombrado secretario de la Congregación de Propaganda Fide (es decir para la propagación de la fe, pues se ocupa de difundir el catolicismo y regular los asuntos eclesiásticos en los países en que no se practica el cristianismo), lo que le permitió estar en contacto con las misiones evangelizadoras del norte de América, el Caribe e incluso de Asia. Ya como cardenal fue elegido pro-prefecto de la Congregación en 1798 y posteriormente prefecto en 1802, cargo en el que permaneció hasta su muerte en 1804. Justamente a finales de este año, Borgia viajó a Francia para acompañar al papa Pío VII, quien iba a París a coronar a Napoleón Bonaparte como emperador en la Catedral de Notre-Dame. Sin embargo, Borgia enfermó durante el viaje y murió en la ciudad de Lyon pocos días antes de la ceremonia.
Recientes investigaciones, llevadas a cabo por Anders, Jansen y Reyes García en los archivos de la Congregación, revelan que el cardenal Borgia era un verdadero erudito que compartía su colección científica con numerosos intelectuales de la época. Especialmente valioso para su museo era el “códice mexicano”, por lo que nunca reveló cómo logró adquirirlo. El mismo Fábrega llegó a mencionar que el cardenal Borgia había deseado desde muchos años atrás poseer un códice mexicano y sólo la fortuna le permitió que llegara a sus manos. Por lo tanto, son pertinentes las apreciaciones de Anders, Jansen y Reyes García sobre lo inverosímil de la historia escrita por Humboldt, pues opinan estos autores que uno de los herederos de Borgia puso en circulación esa anécdota para reforzar su posición en un pleito legal.

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