Los lingüistas, valiéndose de varios métodos y recursos, han podido establecer, aunque en ocasiones sólo tentativamente, cuáles eran las lenguas habladas en diversos tiempos y lugares en Mesoamérica. Entre tales métodos y recursos sobresalen la lingüística comparada y la glotocronología. La primera permite reconstruir aspectos del léxico, la estructura y la fonología de determinadas lenguas. Ella es también clave para percibir las relaciones que permiten detectar la existencia de familias lingüísticas. La glotocronología, con su método léxico-estadístico, se dirige a precisar los tiempos de separación de determinadas lenguas, a partir de una protolengua original. En lo que toca a la representación glífica de los topónimos en las varias lenguas, la epigrafía ha tenido considerable desarrollo en las últimas décadas.